Идея создания вертикально-интегрированной нефтяной компании, ответственной за снабжение нефтью и нефтепродуктами Центральной России и Среднего Поволжья, возникла в начале 90-х годов. В 1991 году начались соответствующие переговоры о скоординированной работе ПО "Юганскнефтегаз", "Куйбышевнефтеоргсинтез" и "Самаранефтепродукт". Акционерное общество открытого типа "Нефтяная компания "ЮКОС" было учреждено постановлением Совмина РФ в соответствии с указом Президента РФ от 17 ноября 1992 года "Об особенностях приватизации и преобразования в акционерные общества государственных предприятий, производственных и научно- производственных объединений нефтяной, нефтеперерабатывающей промышленности и продуктообеспечения". Первоначальный Уставный капитал ОАО был сформирован за счет внесения в него акций следующих дочерних компаний: АО "Юганскнефтегаз", АО "Куйбышевнефтеоргсинтез", АО "Новокуйбышевский НПЗ" и 8 предприятий нефтепродуктообеспечения. В 1995 году, - в соответствии с Постановлением Правительства РФ ОАО "Нефтяная компания "ЮКОС" вошли такие акционерные общества, как "Самаранефтегаз", "Белгороднефтепродукт", "Воронежнефтепродуктавтоматика","Самаранефтепродуктавтоматика","Самаранефтехимавтоматика", Средневолжский НИИ по нефтепереработке, Нефтеюганское СМНУ (специализированное монтажно-наладочное управление), а также преобразованные из государственных в акционерные Нефтеюганское и Ханты-Мансийское предприятия по обеспечению нефтепродуктами. Самостоятельный бизнес компания начинала со следующей "нарезкой" региональных компаний, доставшихся в подарок от государства: Добывающие предприятия: "Юганскнефтегаз" (ХМАО) и "Самаранефтегаз" Перерабатывающие предприятия были расположены в Самарской области (Куйбышевский, Сызранский и Новокуйбышевский НПЗ). Сбытовые предприятия находились в основном в регионах Черноземья Европейской части страны: Белгородская, Брянская, Воронежская, Липецкая, Орловская, Самарская, Пензенская, Тамбовская, Ульяновская области. Следовательно, деятельность холдинга на российском рынке была организована на поставках нефти из ХМАО в Самарскую область, где на трёх НПЗ перерабатывалась и реализовывалась в компактной сети регионов. Сегодняшний территориальный аспект деятельности компании "ЮКОС" видоизменился. Это связано с активностью холдинга на восточном направлении. Был установлен контроль над Восточной нефтяной компанией (ВНК). Следствием этого стало формирование второго сгустка компаний - сибирского. Основные его перспективы руководство ВИНК связывает с добычей нефти. Хоть здесь и существует ряд сбытовых предприятий компании, действующих в Красноярском крае, Хакасии и Томской области и снабжаемых за счёт Ачинского НПЗ, но интерес бизнесменов связан в большей мере только с экспортными проектами (по строительству нефтепровода в Китай).
3. ОАО "Тюменская нефтяная компания" (ТНК) было образовано согласно постановлению правительства РФ в 1995 году. "Тюменской нефтяной компании" принадлежат контрольные пакеты акций в двух добывающих компаниях (ОАО "Нижневартовскнефтегаз" и ОАО "Тюменнефтегаз"), в ОАО "Рязанский нефтеперерабатывающий завод", в пяти компаниях нефтепродуктообеспечения, а также в ряде других специализированных компаний. В состав "Тюменской нефтяной компании" входят следующие дочерние акционерные общества: Нефтедобыча: "Нижневартовскнефтегаз", "Тюменнефтегаз". Нефтепереработка: Рязанский НПЗ". Сбыт: 1. "Тюменнефтепродукт", 2. "Рязаньнефтепродукт", 3. "Курскнефтепродукт", 4. "Калуганефтепродукт", 5. "Туланефтепродукт", 6. "Карелнефтепродукт", Добыча нефти нефтяной компанией целиком осуществляется в Ханты-Мансийском автономном округе. Здесь же действует одно из сбытовых предприятий - "Тюменнефтепродукт". Основная деятельность по переработке нефти и продаже нефтепродуктов осуществляется в Центральной России. До недавнего времени единственным НПЗ "ТНК" был Рязанский, сбыт продуктов переработки был налажен в местных предприятиях компании - Калужской, Курской, Рязанской и Тульской областях. Территориальная структура компании долгое время не изменялась. Но в 2000 году произошел ряд событий, изменивший региональную сеть деятельности компании. Устанавливается контроль над "ОНАКО" и формируется новый узел территориальных интересов компании "ТНК". Ядром его становится Оренбургская область - как регион добычи, переработки и сбыта углеводородного сырья. В 2000 году экстерриториальная деятельность компании выходит за границу России. Форпостом зарубежной экспансии становится один из крупнейших НПЗ Украины - Лисичанский.